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Commit f44000a

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Learnrs B02La_reg_multi and B02Lb_reg_poly ready.
1 parent 01cd4ea commit f44000a

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@@ -1,5 +1,5 @@
11
Package: BioDataScience2
2-
Version: 2023.1.0
2+
Version: 2023.2.0
33
Title: A Series of Learnr Documents for Biological Data Science 2
44
Description: Interactive documents using learnr for studying biological data science (second course).
55
Authors@R: c(

NEWS.md

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@@ -1,3 +1,7 @@
1+
# BioDataScience2 2023.2.0
2+
3+
- Learnrs B02La_reg_multi and B02Lb_reg_poly ready.
4+
15
# BioDataScience2 2023.1.0
26

37
- Learnrs B00La_refresh, B01La_reg_lin and B01Lb_residuals ready.

inst/tutorials/B00La_refresh/B00La_refresh.Rmd

Lines changed: 8 additions & 9 deletions
Original file line numberDiff line numberDiff line change
@@ -276,7 +276,7 @@ La fonction`SciViews::R()` est employée pour charger une série de packages qui
276276

277277
Les packages chargés permettent d'importer, remanier et visualiser à l'aide de graphiques en limitant le recours à la fonction `library()` pour charger des packages R supplémentaires (mais vous pourriez être amené à le faire occasionnellement).
278278

279-
Exécutez l'instruction `SciViews::R()` suivie de l'instruction `SciViews_packages()` dans la console R ci-dessous et analysez le résultat proposé. Pour rappel, vous exécutez et testez votre code via le bouton `Run Code` et vous soumettez votre réponse avec le bouton `Submit`. Utilisez autant de fois que nécessaire `Run Code` sans pénalité, mais n'oubliez surtout pas de soumettre à la fin avec `Submit`.
279+
Exécutez l'instruction `SciViews::R()` suivie de l'instruction `SciViews_packages()` dans la console R ci-dessous et analysez le résultat obtenu. Pour rappel, vous exécutez et testez votre code via le bouton `Run Code` et vous soumettez votre réponse avec le bouton `Submit`. Utilisez autant de fois que nécessaire `Run Code` sans pénalité, mais n'oubliez surtout pas de soumettre à la fin avec `Submit`.
280280

281281
```{r sciviews, exercise=TRUE}
282282
@@ -359,7 +359,7 @@ La fonction `read()` permet d'importer un nombre important de formats de fichier
359359
data_types(view = FALSE)
360360
```
361361

362-
Analysez l'organisation des fichiers ci-dessous. Le dossier `sharks-GuyliannEngels` comprend tous les documents employés afin de réaliser une analyse sur le recensement des attaques de requins en Australie. Il s'agit d'un [projet RStudio](https://wp.sciviews.org/sdd-umons/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons-2023/rs.html). Ce projet doit absolument être portable. Il faut donc employer uniquement des **chemins relatifs**. Par exemple, le document `sharks_report.Rmd` se trouve dans le dossier `docs`.
362+
Analysez l'organisation des fichiers ci-dessous. Le dossier `sharks-GuyliannEngels` contient tous les documents employés afin de réaliser une analyse sur le recensement des attaques de requins en Australie. Il s'agit d'un [projet RStudio](https://wp.sciviews.org/sdd-umons/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons-2023/rs.html). Ce projet doit absolument être portable. Il faut donc employer uniquement des **chemins relatifs**. Par exemple, le document `sharks_report.Rmd` se trouve dans le dossier `docs`.
363363

364364
/home
365365
/sv
@@ -406,7 +406,7 @@ La [section 5.1 du cours de SDD I](https://wp.sciviews.org/sdd-umons/?iframe=wp.
406406

407407
![](images/breaking_news.jpg){width="30%"}
408408

409-
- Petit changement dans les types de fichiers : les blocs-notes et les rapports seront rédigés sous forme de documents **[Quarto](https://quarto.org)** (certains peuvent encore être au format R Markdown, toutefois). L'extension de fichier est `.qmd` (contre `.Rmd` pour R Markdown). Il y a relativement peu de changements dans l'utilisation de ce format par rapport à R Markdown, à part dans l'entête YAML. Cet entête sera en grande partie prérédigée pour vous dans les projets, donc, pas de panique ! Par contre, un éditeur visuel et des fonctionnalités supplémentaires de Quarto vous faciliteront la vie... Vous les découvrirez au fur et à mesure.
409+
- Petit changement dans les types de fichiers : les blocs-notes et les rapports seront rédigés sous forme de documents **[Quarto](https://quarto.org)** (certains peuvent encore être au format R Markdown, toutefois). L'extension de fichier est `.qmd` (contre `.Rmd` pour R Markdown). Il y a relativement peu de changements dans l'utilisation de ce format par rapport à R Markdown, à part dans l'entête YAML. Cet entête sera en grande partie prérédigé pour vous dans les projets, donc, pas de panique ! Par contre, un éditeur visuel et des fonctionnalités supplémentaires de Quarto vous faciliteront la vie... Vous les découvrirez au fur et à mesure.
410410

411411
- Autre changement concernant l'organisation des dossiers et des fichiers dans les projets : vous remarquerez que les blocs-notes et les rapports ne seront plus dans le sous-dossier `/docs` dans vos projets, mais directement à la racine. Deux raisons à cela : étant les documents clés du projet, ils sont plus facilement gérés depuis sa racine, et seconde raison, le dossier courant du document Quarto est ainsi le même que le dossier courant du projet (à la console R). C'est plus facile à gérer (chemins relatifs identiques pour les scripts R et les rapports, cf. exercice juste au-dessus qui rappelle le piège lorsque le fichier R Markdown est dans un sous-dossier du projet) !
412412

@@ -454,7 +454,7 @@ chart(data = crabs, length ~ width %col=% sex | species) |>
454454
geom_point()
455455
```
456456

457-
Reproduisez le graphique suivant. Il s'agit de boites de dispersion (*boxplot*, en anglais), en utilisant la syntaxe `Sgg()`.
457+
Reproduisez le graphique suivant en utilisant la syntaxe `Sgg()`. Il s'agit de boites de dispersion (*boxplot*, en anglais).
458458

459459
```{r}
460460
# Importation des données
@@ -489,15 +489,15 @@ chart(data = ___, ___ ~ ___ %___=% ___ ) |>
489489
crabs <- read("crabs", package = "MASS")
490490
# Graphique
491491
chart(data = ___, length ~ ___ %___=% ___ ) |>
492-
Sgg$geom_b
492+
Sgg$geom_b___
493493
```
494494

495495
```{r chart_h4-hint-3}
496496
# Importation des données
497497
crabs <- read("crabs", package = "MASS")
498498
# Graphique
499499
chart(data = crabs, length ~ ___ %fill=% ___ ) |>
500-
Sgg$geom_box
500+
Sgg$geom_box___
501501
502502
#### ATTENTION: Hint suivant = solution !####
503503
```
@@ -507,7 +507,6 @@ chart(data = crabs, length ~ ___ %fill=% ___ ) |>
507507
# Importation des données
508508
crabs <- read("crabs", package = "MASS")
509509
# Graphique
510-
511510
chart(data = crabs, length ~ sex %fill=% species) |>
512511
Sgg$geom_boxplot()
513512
```
@@ -525,7 +524,7 @@ question("Sélectionnez parmi les éléments suivants, les descriptions graphiqu
525524
allow_retry = TRUE, random_answer_order = TRUE,
526525
submit_button = "Soumettre une réponse", try_again_button = "Resoumettre une réponse",
527526
correct = "Bien joué. Cependant, la description n'est pas complète. Elle peut être améliorée à l'aide de valeurs numériques par exemple.",
528-
incorrect = "Attention, n'auriez vous pas mélangé les descripteurs paramétriques et les descripteurs non paramétriques. La boite de dispersion présente les descripteurs non paramétriques. La section 4.3 de SDDI traite spécifiquement des boites de dispersion.")
527+
incorrect = "Attention, n'auriez vous pas mélangé les descripteurs paramétriques et les descripteurs non paramétriques. La boite de dispersion présente les descripteurs non paramétriques. La section 4.3 de SDD I traite spécifiquement des boites de dispersion.")
529528
```
530529

531530
Les modules 2, 3 et 4 du cours [SDD I](https://wp.sciviews.org/sdd-umons) traitent de la réalisation des graphiques dans R avec `chart()`. Relisez cette partie si vous avez oublié comment réaliser un graphique avec SciViews-R.
@@ -589,7 +588,7 @@ En résumé, on retrouve un équivalent aux cinq fonctions "tidy" principales po
589588
potatoes1 <- sselect(potatoes, yield, cultivar)
590589
```
591590

592-
Le pipe natif `|>` est apparu dans la version 4.1.0 de R. Vous connaissez déjà deux pipes que sont le pipe de {magrittr} `%>%` ou le pipe du package {svFlow} `%>.%` dans SciViews-R. Ces trois opérateurs permettent de chaîner des instructions afin de montrer de manière claire la suite des opérations. Les pipes améliorent grandement la lisibilité du code. Notez que le pipe `|>` ne requiert pas l'utilisation du `.` dans la fonction qui le suit alors que le pipe `%>.%` l'impose. Il est appelé **pipe explicite** pour cette raison. Vous pouvez retrouver de plus amples informations sur le chaînage des instructions dans la [section 5.5 de SDD I](https://wp.sciviews.org/sdd-umons/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons-2022/cha%25C3%25AEnage-des-instructions.html).
591+
Le pipe natif `|>` est apparu dans la version 4.1.0 de R. Vous connaissez déjà deux pipes que sont le pipe de {magrittr} `%>%` ou le pipe de {svFlow} `%>.%` dans SciViews-R. Ces trois opérateurs permettent de chaîner des instructions afin de montrer de manière claire la suite des opérations. Les pipes améliorent grandement la lisibilité du code. Notez que le pipe `|>` ne requiert pas l'utilisation du `.` dans la fonction qui le suit alors que le pipe `%>.%` l'impose. Il est appelé **pipe explicite** pour cette raison. Vous pouvez retrouver de plus amples informations sur le chaînage des instructions dans la [section 5.5 de SDD I](https://wp.sciviews.org/sdd-umons/?iframe=wp.sciviews.org/sdd-umons-2023/cha%25C3%25AEnage-des-instructions.html).
593592

594593
*Nous vous proposons de continuer à utiliser le pipe `%>.%` de SciViews-R lors de vos remaniements de données.*
595594

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